Today I will show you how to say “something in on something”

The book is on the table – Hon ga tsukue no ue ni arimasu
「ほん が つくえ の うえ に あります」

The pen is under the chair – Pen ga isu no shita ni arimasu
「ペン が いす の した に あります」

The pen is inside / in the drawer – Pen ga hikidashi no naka ni arimasu
「ペン が ひきだし の なか に あります」

Meaning : Tsukue (Table), Ue (up), Ue ni (on / on top), Isu (Chair), Shita (Down), Shita ni (under / at the bottom), Hikidashi (Drawer), Naka / Naka ni (Inside / In)

The particle “ni” is translated as “in, at, on”. It is also normally use for questions such as Where (direction), What (time), etc. For example :
Q : Where is my pen – Watashi no pen ga doko ni arimasu ka? 「わたし の ペン が どこ に あります か」
A : Your pen is in the drawer – Anata no pen ga hikidashi no naka ni arimasu. 
「あなた の ペン が ひきだし の なか に あります」